然而若从微生态来看，其中定殖居住着微生物(如细菌、古生菌、真菌、病毒、噬菌体等)，其数量之多，已然超出人体细胞的数量，微生物细胞：人体细胞大约为10：1，近年来开展的人类微生物组学计划告诉我们，人体中基因数目的99%是微生物的，只有1%是人自身的基因。

    与人类关联的微生物如此之多，而已被研究过的只是其中很少一部分，有些甚至尚未被培养过，更不知其生物学属性。即便如此，我们还是可以推测，微生物就是我们身体的组成部分，更是健康所必需的。

    这些居住在人体的众多微生物，在人体特定部位形成了特定的微生物群落，发挥微生物-微生物、微生物-宿主(人体)相互作用，才有人体的稳定有序的功能表现，是为健康。这类相互作用构成了一个巨大而协调的网络，各级网络进一步构成整体网络，可谓牵一发动全身，这便是微生态的轮廓了。网络具备了自我稳定调节能力，调节失灵便可能产生疾病。

    所以说人体是一个复杂的生态系统，其中的微生物或竞争或合作。这些相互作用支撑起人体健康或促成疾病。微生物之间的关联多数是具有强烈生态位特异性的，只有少数枢纽微生物形成跨多重机体区域的链接。系统发生上距离靠近的微生物趋向于在相同生态位中共存，而排斥关系多发生在关系更远的微生物之间。